分居三个月可以起诉离婚。但法院不会单以分居三个月为由判决离婚。即人民法院审理离婚案件,应当进行调解,如感情确已破裂,调解无效,应准予离婚。且因感情不和,连续分居满两年,应认定为夫妻感情破裂的法定情形之一。
离婚并非一定要双方同意才能离的。人民法院审理离婚案件,准予离婚或是不准离婚都是依照《婚姻法》规定以夫妻感情是否破裂作为区分界限的。判断夫妻感情是否确已破裂,应当从婚姻基础、婚后感情、发生纠纷的原因、夫妻关系的现状和有无和好可能等方面进行综合分析,并不是取决于一方同意与否。
法律依据
《婚姻法》第32条
男女一方要求离婚,可由有关部门进行调解或直接向人民法院提出离婚诉讼。人民法院审理离婚案件,应当进行调解;如感情确已破裂,调解无效,应准予离婚。
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