刑事侦查结束后，根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百六十二条，侦查机关认为犯罪嫌疑人构成犯罪，应当移送人民检察院审查起诉。此时，所有收集到的证据材料，包括物证、书证、证人证言、被害人陈述、犯罪嫌疑人、被告人的供述和辩解、鉴定意见、勘验、检查、辨认、侦查实验等笔录、视听资料、电子数据等，都会一并移交给检察院。检察院将基于这些证据决定是否提起公诉。

如果侦查机关认为犯罪嫌疑人不构成犯罪，或者发现有其他不应追究刑事责任的情形，应按照《刑事诉讼法》第一百六十三条的规定，作出撤销案件或者终止侦查的决定。此时，证据材料应妥善保管，对于不需要继续保留的，应按照相关规定予以销毁。

无罪推定原则要求司法机关在审理案件时，必须假设被告人是无罪的，直到检方能提供充足的、确凿的证据来证明其有罪。在此过程中，被告人无需自证其无罪，且享有辩护权、沉默权等权利。法院需对证据进行严格审查，只有当证据达到“事实清楚，证据确实、充分”的标准，才能判定被告人有罪。

根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百零七条的规定，公安机关对于报案、控告、举报和自首的材料，应当立即审查，认为有犯罪事实需要追究刑事责任的时候，应当立案；认为没有犯罪事实，或者犯罪事实显著轻微，不需要追究刑事责任的时候，不予立案。这意味着，当存在可能构成犯罪的行为，且需要追究刑事责任时，公安部门必须启动刑事立案程序。