年终奖计算公式：应纳税额=应纳税所得额（即年终奖的总额）×适用税率-速算扣除数；
如果发放奖金当月的工资超过3500，那么先将员工当月内取得的全年一次性奖金，除以12个月，按其商数确定税法规定的适用税率和速算扣除数。
然后按公式：应纳税额=应纳税所得额（即年终奖的总额）×适用税率-速算扣除数

法律依据《国家税务总局关于调整个人取得全年一次性奖金等计算征收个人所得税方法问题的通知》二、

年终奖个人所得税计算方式：一、发放年终奖的当月工资高于5000元时，年终奖扣税方式为：年终奖*税率-速算扣除数，税率是按年终奖/12作为“应纳税所得额”对应的税率。二、当月工资低于5000元时，年终奖个人所得税=(年终奖-(5000-月工资))*税率-速算扣除数，税率是按年终奖-(5000-月工资)除以12作为“应纳税所得额”对应的税率。(一)员工当月的工资薪金超过「5000」元，再发放的年终奖单独作为一个月的工资计算缴纳个人所得税。全年一次性奖金，单独作为一个月计算时，除以12找税率，但计算税额时，速算扣除数只允许扣除一次。(二)员工当月的工资薪金不超过5000元，再发放的年终奖单独作为一个月的工资计算缴纳个人所得税。但可以将全年一次性奖金减除“雇员当月工资薪金所得与费用扣除额的差额”后的余额，作为应纳税所得额。其中“雇员当月工资薪金所得”以收入额扣除规定标准的免税所得(如按规定缴纳的社会保险和住房公积金等)后的数额。(三)员工一个年度在两个以上单位工作过，只能按照国税发[2005]9号文件规定，在一个纳税年度内，对每一个纳税人年终奖计税办法只允许采用一次，纳税人可以自由选择采用该计税办法的时间和发放单位计算。

法律依据《个人所得税法》第三条