一、法院能否判决离婚的依据是：夫妻感情是否确已破裂。而分居两年以上，能确认夫妻感情却已破裂。二、只要不能协议离婚，都可以直接向法院起诉，要求离婚。而不管是否分居。

您好！关于这个问题，不能笼统的解读法条，首先，分居是工作性质，还是感情破裂，有些夫妻以工作两地分居就说分居好几年了，按照我国婚姻法第三十二条：男女一方要求离婚的，可由有关部门进行调解或直接向人民法院提出离婚诉讼。人民法院审理离婚案件，应当进行调解；如感情确已破裂，调解无效，应准予离婚。有下列情形之一，调解无效的，应准予离婚：（一）重婚或有配偶者与他人同居的；（二）实施家庭暴力或虐待、遗弃家庭成员的；（三）有赌博、吸毒等恶习屡教不改的；（四）因感情不和分居满二年的；（五）其他导致夫妻感情破裂的情形。
希望对你有所帮助。