合作合同纠纷一般表现为合伙协议纠纷，合伙协议是依法由全体合伙人协商一致，以书面形式订立的合伙企业的契约。若因合作合同引起的纠纷，首先应当审查该合同是否有效。若有效则进一步注意合伙人的出资是否符合法律规定以及关于合伙期限、入伙、退伙的约定等。需要注意的是，《合伙企业法》第32条规定，合伙企业的利润和亏损，由全体合伙人依照合伙协议约定的比例分配和分担。合伙协议未约定利润分配和亏损分担比例的，由各合伙人平均分配和分担。合伙协议不得约定将全部利润分配给部分合伙人或者由部分合伙人承担全部亏损。

法律依据
《中华人民共和国合同法》第一百二十八条

合伙人擅自处分合伙财产，属于违反合伙协议的行为，其他合伙人应当以合伙协议纠纷为案由到法院提起诉讼。合伙人违反合伙协议约定或者法律规定，擅自处分合伙财产，给合伙企业或者其他合伙人造成损失的，应当依法承担赔偿责任。《合伙企业法》第九十七条规定：合伙人对本法规定或者合伙协议约定必须经全体合伙人一致同意始得执行的事务擅自处理，给合伙企业或者其他合伙人造成损失的，依法承担赔偿责任。合伙财产如何处分，合伙企业的财产处分通常是通过个别合伙人的实施的，按照合伙财产的共同共有的性质，个别合伙人处分合伙财产，应当得到全体合伙人的授权。如果个别合伙人未经全体合伙人的授权，擅自处分了合伙财产，应当如何处理，按照国际通行的规则，此时应当根据财产受让人是否为善意，予以区别时待，所谓善意，就是不知情，如果受让人在受让合伙财产时，不知道并且没有真正理由认为他应当知道该财产是合伙财产，或者虽然知道是合伙财产，但不知道并且没有正当理由认为他应当知道合伙人无权处分该财产，即应认为善意，否则应认定为恶意，根据保护善意受让人的法律政策，合伙企业不得以个别合伙人未经授权擅自处分合伙财产为由，主张其处分行为无效，这一政策，不仅有利于保护交易安全和促进交易开展，而且有利于合伙企业的经营和发展。

法律依据
《合伙企业法》第九十七条