首先，申请廉租房，申请人夫妻的家庭收入、财产、住房状况必须符合当地房管部门关于廉租房的申请规定条件；其次，不论分居多少年，分居期间婚姻关系仍然是存续的，因此是否分居跟能否申请廉租房没有直接关系，关键还在于申请人家庭是否符合当地房管部门关于廉租房的申请规定条件。

法律依据《中华人民共和国婚姻法》第十九条

申请廉租房的程序每个地方略有不同，但是，对于申请人的条件至少具备以下几点：1、是当地的城市居民，居住超过5年以上；2、享受低保或者是被民政部门登记在册的低收入人群；3、家庭住房达不到50平米或者人均不足15平米，并且共同居住人有赡养、抚养关系。如果具备上面的三点，就可以询问当地的街道人员，着手申请了。首先准备相关的材料，如户口本、身份证、房产证、低保证明等。然后到街道领取申请廉租房的核定表，填写申请书。之后社区人员对所提交的申请材料进行形式审查，进行实地的走访和调查，包括询问邻居等。初查后没有发现问题即将申请情况在社区进行公示，公示没有问题的，上报房管局。随后房管局再审。没有问题的，移送民政局核查。通过以上审核的，住房保障部门将向社会公告，再次接受社会的监督。没有发现问题的，就办理登记和租赁手续。

法律依据《廉租住房保障办法》第二条、第六条、第十六条、第十七条