商业秘密的保护主要依据《反不正当竞争法》和《合同法》。根据《反不正当竞争法》第十条，经营者不得以盗窃、贿赂、欺诈、胁迫或者其他不正当手段获取权利人的商业秘密，不得披露、使用或者允许他人使用以前述方式获取的商业秘密。同时，《合同法》第六十条规定，当事人应当按照约定全面履行自己的义务，其中包括保守商业秘密的义务。

1. 知识产权归属：合同应明确指出在工程过程中产生的所有知识产权（如专利权、商标权、著作权等）的归属。如果是由承包方创造的，合同应规定这些权利是否自动转移给发包方，或者需要额外的转让协议。

2. 使用许可：合同应明确承包方在何种程度上可以使用发包方的知识产权，以及这种使用权是否具有独占性、可转让性等。

3. 侵权责任：如果因一方的过失导致第三方的知识产权被侵犯，应明确规定责任承担方式和赔偿标准。

4. 保密义务：双方都应有义务保护对方的商业秘密和未公开的知识产权，防止泄露。

1. 合同优先原则：首先，应查看合同中是否有关于工程变更和价款调整的条款。如果合同中有明确的规定，那么应按照合同执行。如果合同没有明确规定或者规定不明确，就需要根据公平原则和行业惯例来确定。

2. 工程变更合法性：工程变更是需要经过双方协商一致的，如果一方单方面变更工程，可能被视为违约，此时，另一方有权拒绝接受并要求赔偿损失。

3. 价款计算：根据《建设工程施工合同司法解释》规定，工程变更导致的价款调整，一般按照市场价格或双方协商的价格进行。