根据《合同法》和《商业特许经营管理条例》等相关法律法规，加盟商与总部之间是基于合同关系，各自的权利和义务由合同约定。如果加盟店亏损，通常应由加盟商自行承担，因为经营风险通常被视为加盟商的商业风险如果总部在合同中承诺了保障收益、承担亏损或者存在欺诈、误导等行为，那么总部可能需要承担一定的责任。

根据《中华人民共和国公司法》第一百六十七条的规定，公司的利润分配应基于公司的利润状况。利润是指公司在扣除各项成本、费用、税金后的剩余部分。运营成本是公司日常运营产生的必要支出，包括员工薪酬、原材料采购费、租金、水电费等。这些成本在计算净利润，进而进行利润分配之前，都应被合理扣除。否则，如果在未扣除运营成本的情况下分配利润，可能会导致公司的财务状况恶化，甚至可能违反法律规定。

1. 违约责任：根据加盟合同的约定，加盟商通常有义务接受总部的业务指导和管理。如果加盟商拒绝，可能被视为违反了合同条款，总部有权追究其违约责任。

2. 品牌使用权：在很多情况下，总部授权加盟商使用其品牌、商标等知识产权，如果加盟商不接受指导，可能影响品牌的一致性和质量标准，总部有权收回授权。

3. 法律纠纷：如果因加盟商的独立行为导致消费者投诉或法律纠纷，加盟商可能需要独自承担法律责任，而总部可能会因此受到连带影响。