特许经营中的不正当竞争纠纷主要依据《反不正当竞争法》、《合同法》、《商标法》等法律规定进行处理。根据这些法律，如果特许人或被特许人存在侵犯对方商标权、滥用市场优势地位、虚假宣传、泄露商业秘密等行为，都可能构成不正当竞争。受害方可以通过法院提起诉讼，要求停止侵权、赔偿损失；或者向工商行政管理部门投诉，由行政部门进行查处；另外，如果双方在特许经营合同中约定了仲裁条款，也可以选择通过仲裁解决纠纷。

根据《商业特许经营管理条例》第十二条，特许人应当按照合同约定向被特许人提供经营技术、商品或者服务的支持和其他必要的协助。若特许人未履行这些义务，即构成了违约。在合同法中，一方违约时，另一方有权要求其承担违约责任，这可能包括停止支付未履行部分的费用，甚至索赔因违约造成的损失。

在处理特许经营合同纠纷时，首先应依据《中华人民共和国合同法》。该法规定，合同双方应按照约定履行合同义务，如有争议，应首先尝试友好协商解决。如果协商无果，可以依据《中华人民共和国仲裁法》申请仲裁，或者根据《中华人民共和国民事诉讼法》提起诉讼。此外，《商业特许经营管理条例》也对特许经营的条件、程序及纠纷解决提供了具体规定。