50平方按成本价，这个可能是享受住房补贴待遇了，具体以当地政策为准

根据相关政策规定，2000 年及其以后批准转业的军队干部，未按房改成本价、标准价、安居工程房价购买住房或未参加集资建房的，可按规定申请住房补贴。但如果已享受过相关住房优惠政策，则可能无法再享受住房补贴。
在您的情况中，部队给了您一套 90 平米的还建住房，其中 50 平米按基本成本价计，40 平米按市场价计，并且您个人实付了 160 万元。这种情况下，您是否还能享受住房补贴需要进一步结合当地具体政策和您的具体情况来判断。比如，有些地方规定如果已经购买了部队提供的经济适用房，且购买价格不低于当地同地段经济适用住房价格，或经部队规定程序批准的经济适用住房价格，那么按当地住房政策规定为其发放住房补贴；如果购买的住房价格低于上述规定价格，就不再发放住房补贴。
建议您向所在部队的相关部门以及当地的退役军人事务部门或负责住房补贴发放的相关单位进行详细咨询，以确定您是否符合住房补贴的领取条件。