非法占用农用地罪的立案标准因土地类型而异，毁坏永久基本农田达5亩或普通耕地达10亩即触发刑事追诉，一般处五年以下有期徒刑或拘役，并处或单处罚金。该罪在法律性质上属于状态犯而非持续犯，追诉时效从毁坏行为终了之日起算。发现基本农田被非法占用，应立即向自然资源主管部门举报，行政机关将责令退还土地、限期拆除违建并恢复原状。