合作协议中签订保密协议有效，只要协议内容指向真实的商业秘密且不违反法律强制性规定。入职第一天签保密协议合法，法律没有为签署时点设置门槛，员工自接触商业秘密之日起即负有保密义务。保密义务与竞业限制是两回事，前者不涉及离职后的择业禁止，也不需要公司支付补偿。