国有企业改制时，其既有债务的处理应遵循公平、公正、公开的原则，确保各方权益不受损害。首先，根据《企业破产法》和《公司法》，企业改制可能涉及破产清算或重组，此时，原有债务会按照法定顺序进行清偿。其次，依据《合同法》，债务转移需得到债权人同意，否则原债务人仍需承担偿债责任。再者，如果涉及国有资产，还需参照《国有资产法》进行操作，确保国有资产不流失。

国企改制中，职工的股权权益保障主要体现在以下几个方面：一是按照公平、公正、公开的原则进行股权分配，防止权益被侵犯；二是设立职工持股计划，使职工能够直接或间接持有公司股份，分享企业收益；三是确保信息透明，职工有权获取与改制相关的重要信息，以便做出知情决策；四是设立有效的纠纷解决机制，保障职工在权益受损时有救济途径。

国企改制通常涉及到所有权结构、经营权、公司治理等方面的变更。根据《中华人民共和国合同法》第八条，"依法成立的合同，对当事人具有法律约束力。当事人应当按照约定履行自己的义务，不得擅自变更或者解除合同。"这意味着，除非改制导致合同的根本性变更，使得原合同无法履行，否则合作协议依然有效。同时，如果改制过程中有新的法律规定或政策调整，可能需要根据这些新规定对合作协议进行修订或重新谈判。