根据《劳动法》及《劳动合同法》规定，劳动合同是确定劳动者权益的主要依据，包括工资、奖金等福利待遇。当合同发生变更时，如果变更内容涉及到劳动者的报酬（如年终奖），则可能会影响到年终奖的计算方式。同时，如果企业在内部规章制度中对年终奖有明确规定，且在合同变更时未对此进行调整，那么原有的年终奖计算方式可能会保持不变。

根据《中华人民共和国劳动法》和《职工带薪年休假条例》等相关规定，员工享有法定节假日、休息日以及带薪年休假等权利。单位在调整员工的休假安排时，应与员工进行协商，不得单方面强制决定。若因工作需要确需调整，也应提前通知员工，并在合理范围内作出补偿或安排调休。

劳动合同的变更必须基于双方的自愿同意，并且应当以书面形式进行。根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十五条规定：“用人单位与劳动者协商一致，可以变更劳动合同约定的内容。变更劳动合同，应当采用书面形式。”如果变更过程有第三方见证或者公证，也能增加其自愿性的证明力度。此外，劳动者在变更合同过程中的明确表示，如签字确认、邮件回复等，也是证明自愿性的关键证据。