一、法律规定

用人单位对于员工的违纪行为，是否可以扣工资进行惩罚，我国现行法律并没有明确规定。仅有部分地方性规定，对此进行了明确规定：

天津市劳动和社会保障局《关于印发〈天津市工资支付规定〉的通知》（津劳局〔2003〕440号）第三十六条第三款，用人单位依法制定并经职代会批准的企业内部规章制度中有明确规定可以扣除的费用，单位可以扣除相应功工资。

《江苏省工资支付条例》（2021年）第十二条第三款，违反用人单位依法制定的规章制度，用人单位可以扣除当月部分工资。

《广东省劳动保障监察条例》（2019年）第五十一条规定，用人单位的规章制度规定了罚款内容，或者其扣减工资的规定没有法律、法规依据的，由人力资源社会保障行政部门责令改正，给予警告。但是《深圳市员工工资支付条例》（2019修订）第三十四条第二款规定，用人单位可以按照依法制定的规章制度对员工进行的违纪经济处罚。

而北京、上海、浙江有关工资支付的规定，均没有明确用人单位是否可以制定和适用含有扣工资罚款内容的规章制度。

二、司法实践

案例一：（2021）苏06民终2356号 2017年7月李某入职了某婴幼儿食品销售公司做销售，与其签订了3年的劳动合同。该公司2019年7月召开第二届职工代表大会，审议并通过了《奖惩制度》。《奖惩制度》对各类行为制定了100元至2000元不等的罚款，直至解除劳动合同、赔偿损失的处罚标准。李某再工作期间因多次未完成活动要求和钉钉驻店签到要求，被公司罚款扣除相应绩效工资合计2万多元。

法院观点：一审法院认为用人单位不得克扣劳动者工资，《奖惩制度》尽管是职工代表大会审议通过的，但其内容已突破了企业自主管理权的范畴，与劳动法律相违背，且不具备合理性，不能作为罚款依据。二审法院认可公司通过职工代表大会审议确定的《奖惩制度》，但是认为公司在具体执行时，没有考虑到李某的工作性质，且认为罚款过高。

案例二：（2020）川民再217号。吕某自2006年即入职一科技公司从事管理工作，2007年该科技公司的关联公司制定了《员工奖惩制度》，吕某予以签收确认。此后，该科技公司即以此制度为依据，多次对吕某进行了处罚，并在当月工资中予以扣除。

法院观点：《员工奖惩制度》的内容不违反法律、行政法规的规定，亦不存在明显不合理的情形，并已向劳动者公示，可作为用人单位用工管理的依据。虽然这个制度的发布者不是劳动合同上面的用人单位，但是用人单位的关联公司，且员工对此制度进行签收确认，这么长的时间从未提出过异议，因此可以一次为依据。

从司法实践来看，大部分的法院对于公司制定适用奖惩制度都是认可的，只是会在其内容上要求合理合法。

三、用人单位是否可以制定含有惩罚性规定的规章制度

首先，法无禁止即可为，我国现行法律并没有明文禁止用人单位制定含有惩罚性规定的规章制度，因此只要单位与劳动者就此达成合意，且无显失公平的情形，法律自无干涉的必要。

其次，用人单位制定对劳动者的奖惩措施属于企业自主经营权的范围，单位根据经营范围的性质，对于员工的工作要求有不同的偏重和要求，制定合理的奖惩措施，可以减少公司的管理成本，更好地调动员工的积极性。特别是一些高危行业，对于员工的工作要求极为精细，稍有不慎，不仅会使公司遭受损失，更会危及员工和其他人的生命健康。对于这些用人单位来说，其制定奖惩措施，要求员工严格按照规定、要求履行特定工作内容，也是十分必要的。

最后，惩罚措施有一定的缓冲作用。如果不允许公司对员工的违纪行为进行实质处罚，哪怕是看起来并不严重的违纪行为，但员工屡次违纪也会“惹恼”公司，公司可能会直接辞退，加剧用人单位和劳动者之间的矛盾。公司对于员工的违纪行为，根据性质、情节进行罚款、降薪、降职直至辞退的处罚，可以避免因为“小问题”就解除劳动关系的后果，也能一定程度上减少用人单位与劳动者互相指责的尴尬局面。

四、结论

用人单位可以制定惩罚措施，对于员工的违纪行为进行扣工资的处罚，但是惩罚措施需要满足以下条件：

1.不得违反法律、法规；

2.需要经过民主制定程序并且进行公示告知；

3.内容明确、合理。