一、案件背景与基本事实

本案为一起合同纠纷。原告为某国有林场，被告为某投资发展公司。2007年，原告将其所属林地承包给案外人经营，并约定案外人不得将林地上4684平方米建筑物拆除，否则原告有权没收案外人已经支付的30万元履约保证金。2009年，原告、被告、案外人签署三方协议，被告继受取得案外人的相关权利义务，并在2009年年末将4684平方米建筑物拆除。2010年，当地土地收储中心将有关土地收储、转变土地性质为国有建设用地，并签订收储合同，约定原告应当将土地上的建筑物清除；同年末，原告将已收到的30万元履约保证金退还被告。2011年，被告就前述土地与当地自规局签署土地使用权出让合同，该合同载明相关土地应当清理、平整。2025年，原告以被告的拆除行为违约为由诉至法院。

二、本案的争议焦点和代理策略

本案争议焦点有二：一是被告拆除建筑物是否构成违约？二是本案是否已超过诉讼时效？

针对上述争议焦点，结合在案证据、当事人陈述的情况，作为被告的代理律师，我们围绕合同解释、事实行为认定、诉讼时效计算等关键环节，构建了多层次抗辩体系：

1.建筑物被拆除的所涉土地是已被收储的土地，且性质已转变为国有建设用地，根据土地收储的有关规定，以及土地使用权出让合同的约定，所涉土地应为“净地”，被告的拆除行为符合相关规定和合同约定。

2.根据“房随地走”的房地一体主义，被告既已取得相关土地的使用权，则一并取得土地所附建筑物的权利，故被告有权拆除相关建筑物。

3.原告在被告拆除建筑物后将本应没收的30万元履约保证金返还被告，以实际行为认可了被告拆除建筑的行为，被告不构成违约。

4.被告在2009年年末就已经将建筑物拆除，直至2025年本案起诉期间，原告从未向被告主张权利，已经超过诉讼时效。

三、法院裁判观点

经审理，法院全盘认可了被告的抗辩主张。

关于被告是否构成违约，法院认为：案涉建筑物位于被收储土地上，收储合同明确要求该地块应为“净地”出让。尽管被告确实拆除了建筑物，但原告在明知拆除事实后，仍将30万元保证金全额退还被告，且未就拆除行为提出异议。法院认定，原告退还保证金的行为构成对拆除事实的默认，其主张被告违约的证据不足，不予支持。

关于本案是否已超过诉讼时效，法院适用原《民法通则》关于二年诉讼时效的规定，认定原告最迟应于2010年退还保证金时知晓权利受损。然而，原告直至2025年才提起诉讼，期间未主张权利，亦无中止、中断事由。法院采纳被告关于诉讼时效的抗辩，认定原告主张已超过法定时效，权利不受司法保护。

四、案例启示与实务建议

本案对类似承包经营、不动产移交类纠纷具有重要参考意义：

1.行为意思的默示认可：合同履行中的实际行为（如退还保证金）将被视为对原有违约状态的接受。

2.诉讼时效的严格适用：权利人应及时主张权利，否则将面临因时效届满而无法得到司法保障。特别需要指出，被告代理人在庭审中提出诉讼时效抗辩时，原告代理人认为原告的权利受损状态一直持续至今，因此本案没有超过诉讼时效。对此，回归原《民法通则》和现行的《民法典》，对于诉讼时效的起算时点的规定都是“知道或者应当知道之日”，而非以权利受损状态结束之日作为诉讼时效的起算点。

3.在历史久远的纠纷中，行为推定与时间节点的梳理尤为关键。