在您遇到的教育机构退款纠纷案件中，法院判决支持教育机构的合同合法权益，并认为合同不是格式合同问题。这意味着法院认为教育机构提供的合同是双方自愿签订的，且合同内容不违反法律强制性规定，因此合同对双方都具有约束力。即使合同中有关于退款的条款，只要这些条款是在双方平等协商的基础上形成的，并且不含有违法或不公正的内容，法院通常会支持这些条款的有效性。

在类似的案件中，法院会综合考虑合同的具体条款、双方的谈判过程、合同的履行情况以及相关法律规定来判断合同的合法性和有效性。如果教育机构在合同中明确告知了退款政策，并且这些政策在签订合同时得到了您的同意，那么法院可能会判决支持教育机构的立场。

此外，如果教育机构在合同中设置了“不予退款”或其他限制退款的条款，法院会审查这些条款是否合理，是否存在滥用权利或不公平对待消费者的情况。如果教育机构未能提供充分的说明或提醒，使得您在签订合同时未能充分理解这些条款的后果，法院可能会判定这些条款无效或不适用于您的情况。

在您的具体情况中，如果法院已经做出了终审判决，并且您不同意该判决结果，您可以考虑通过法律途径进一步申诉或寻求法律援助。同时，您也可以从中学习，未来在签订合同时更加仔细审阅合同条款，必要时寻求专业法律意见，以保护自己的合法权益。