A公司与B保障局建设工程施工合同纠纷一案
大律师网 2026-08-05
导读：浙江省杭州市江干区人民法院民事判决书(2020)浙0104民初3511号原告A集团有限公司，住所地。法定代表人崔,董事
浙江省杭州市江干区人民法院民事判决书
(2020)浙0104民初3511号
原告A集团有限公司，住所地。
法定代表人崔,董事长。
委托代理人赵吉城、裘红伟(特别授权代理),浙江西湖律师事务所律师。
被告B保障局，住所地。
责任人王,局长。
委托代理人汪、吴(特别授权代理),浙江*律师事务所律师。
原告A集团有限公司(以下简称A公司)为与被告B保障局(以下简称**保障局)建设工程施工合同纠纷一案，于2020年5月28日向本院起诉。本院受理后依法适用普通程序组成合议庭进行审理，于2020年9月22日、2021年1月20日公开开庭进行了审理。原告A公司的委托代理人赵吉城、被告**保障局的委托代理人汪**到庭参加诉讼。本案现已审理终结。
原告A公司诉称，2006年4月20日，A公司与发包方C休建办(以下简称**休建办)签订《建设工程施工合同》一份，约定，**休建办将C杭州点第五批离退休干部住房工程发包给A公司施工，工程地点位于，工程内容土建、水电安装和围护工程(桩基除外),合同工期550天，合同金额36251700元。工程于2006年6月8日开工，于2008年9月25日竣工。A公司于2008年12月1日向**休建办提交了金额为68896729元的工程结算书，**休建办委托内部审计机构D审计事务所浙江分所于2011年8月3日出具[2011]南新审浙分所第177号审计报告，核定结算金额为43973894元，并载明工程质量奖罚费用、工期延迟奖罚、项目经理到位奖罚、材料人工二次搬运费补差，另行协商解决。事后，双方就材料人工二次搬运费补差以及工期延长索赔等进行了协商，**休建办同意给予A公司材料人工二次搬运费补差3233862元并已支付，但对工期延长索赔款4516351元及扣款金额等问题未能协商一致。因军队体制改革，发包方**休建办已撤销，自2017年7月开始，其职能划归**保障局行使。A公司认为，案涉工程款总额为51724107元(核定工程款43973894元+材料人工二次搬运费补差3233862元+工期延长索赔款4516351元=51724107元),扣除发包方已付工程款38811432元，再扣除**保障局垫付维修费168738.57元，**保障局尚欠A公司工程款12743936.43元。A公司诉至法院，请求判令**保障局向A公司支付工程款12743936.43元，并按银行同期贷款利率支付从2011年8月4日起至判决时的利息。
被告**保障局辩称，一、对A公司诉称事实中的开工日期有异议，根据仲裁查明情况，开工日期应为2006年8月。2011年8月3日，双方审定工程总价款为43973894元，后经协商确定补差材料和人工搬运费补差金额为3233862元，已付工程款为45051431.43元，扣除**保障局垫付的维修费168738.57元，尚余质保金1970711.5元未支付。二、对A公司主张工期延长索赔款4516351元有异议。A公司据以主张工期延长索赔款的28张工程联系单已在审计时提交，已经纳入了审计范围。二次补差金额协商时，亦予以进行了补偿。A公司重复提出索赔，没有事实和法律依据。综上，**保障局欠付A公司的仅为质保金1970711.5元以及质保期限届满后逾期支付利息，请求法院驳回A公司诉讼请求中不合理的部分。
原告A公司为支持其诉称，向本院提交了以下证据:
1、《建设工程施工合同》1份，拟证明合同约定的双方权利义务。
2、《开工报告》1份，拟证明案涉工程于2006年6月9日开工的事实。
3、《竣工报告》1份，拟证明案涉工程于2008年9月25日竣工的事实。
4、《收条》1份，拟证明**休建办于2008年12月1日收到A公司提交的报价金额为68896729元的工程结算书的事实。
5、[2011]南新审浙分所字第177号《审计报告》1份，拟证明审计机构核定工程结算金额为43973894元，工程质量奖罚费用、工期延迟奖罚、项目经理到位率奖罚、材料人工二次搬运费补差由双方另行协商解决的事实。
6、《工期延长索赔费用汇总表》、《索赔费用分析表》及《索赔费用编制说明》各1份，拟证明**保障局应补偿A公司工期延误费用4516351元的事实。
7、《工期延误详细条目》1份，拟证明发包方、承包方及监理单位确认非因承包方原因造成工期延误392天的事实。
8、《施工联系单》、《工程暂停令》28份，拟证明发包方、承包方及监理单位对工期延误具体事件予以确认的事实。
9、《关于**已付款及错扣款说明》1份，拟证明人工、材料补差和二次搬运费3233862元已由**休建办认可并支付的事实。
10、结算清单(吴**出具)1份，拟证明**休建办同意支付材料、人工二次搬运费补差3233862元的事实。
11、《证明》1份，拟证明**休建办出具说明的事实。
12、《关于发票报销情况的说明》1份，拟证明**休建办出具证明的事实。
13、《建筑业统一发票》(01314742)1份，拟证明A公司按**休建办要求开具金额为11147756元发票的事实。
14、发票3份，拟证明A公司合计向**休建办开具发票金额为47207756元发票的事实。
15、《关于垫付A天城路五批建房工程维修款事》1份，拟证明**休建办为A公司垫付维修款168738.57元的事实。
16、财务凭证1组，拟证明A公司代收代付**休建办60000元配电箱费用，不应计入已付工程款的事实。
17、执行裁定书1份，拟证明法院撤销仲裁裁决的事实。
18、施工联系单1份，拟证明仲裁涉及的10000000元联系单与本案工期延误索赔事项无关的事实。
19、财务凭证1组，拟证明双方无争议部分的已付款38811431.43元均由**休建办支付至A公司处的事实。
经庭审质证，被告**保障局对证据1至3的真实性无异议，对开工日期认为应以仲裁查明的时间为准。该组证据与本案具有关联性，本院予以确认。对证据4、5的真实性无异议。该组证据与本案具有关联性，本院予以确认。对证据6的三性均有异议，认为系A公司单方制作，其他意见同答辩意见。本院认为，该组证据系A公司自行制作，本院不予确认，按其陈述意见处理。对证据7的真实性有异议，认为A公司出具的该文件仅加盖有三家单位的公章并无签字与**保障局留存的文件不一致，该证据系A公司伪造。本院认为，该证据的真实性可予以确认，双方争议问题在本院认为部分分析。对证据8的真实性无异议，但认为不应重复计算相关费用，其中17张联系单的内容已被纳入审计范围，8张联系单内容已包含在二次补差金额内，另有3张联系单系因A公司自身原因造成工期延误，不应纳入索赔范围。本院对该部分证据真实性予以确认，双方争议问题在本院认为部分分析。对证据9至16可以证明双方协商确定材料、人工二次搬运费补差3233862元，开具发票金额47207756元，垫付维修款168738.57元的事实无异议，但认为已付工程款为45051431.43元。本院对双方陈述无异议的事实予以确认。对证据17无异议，但认为仲裁裁决内容中双方无异议的事实应当作为本案的事实依据。本院对该证据予以确认。对证据18三性均有异议，认为该联系单系行贿所得，**休建办据此申请不予执行(2013)杭仲裁字第22号裁决已得到支持，该证据与本案争议的问题无关联性。结合仲裁裁决内容，本院对该证据曾在仲裁过程中出示，经查实系行贿伪造取得进而导致法院裁定不予执行该裁决的事实予以确认。对证据19的真实性无异议，但认为从质保金数额倒推可以证明双方有争议的支付案外人处的6240000元已被双方计入已付款金额。本院对该组证据的真实性予以确认，双方争议问题在本院认为部分分析。
被告**保障局为支持其辩称，向本院提交了以下证据:
1、《建筑工程内部承包协议书》、《关于2008年度杭州市"西湖杯"工程备案事项的通知》、《工程款支付申请表》、付款财务凭据、《公司与占收付款结算(已开收据及发票1490万元)》1组，拟证明占为案涉工程项目负责人，2006年8月至2007年11月期间，占代表A公司从**休建办领取6笔款项共计6240000元，A公司就相关款项开具收据，应计入已付工程款的事实。
2、(2013)杭仲裁字第22号裁决书1份，拟证明杭州仲裁委员会裁决书已认定上述占领取的6240000元系**休建办已付工程款的事实。
3、[2011]南新审浙分所字第177号《审计报告》、《工程审结通知》1组，拟证明经审计，案涉工程造价为43973894元；A公司提交的《工期延误详细条目》所附联系单中的B字03号、C字13号、18、8、33、48、49、55、52、63、70、71、74、67、68、93、94号共17张施工联系单内容已被纳入审计范围；建设单位可在核算金额43973894元的基础上按实扣除工程质量奖罚费用、工程工期延迟罚款费用、项目经理到位率奖罚费用；案涉工程结算审计费用为1518775元，其中A公司应承担1427586元的事实。
4、《工期延误详细条目》、调查笔录(葛**)、2015军宁浙刑初字第1号刑事判决书1组，拟证明A公司作为证据提交的《工期延误详细条目》与**休建办留存的文件内容不一致，A公司提交的证据系伪造；**休建办未认可工期延误392天的事实。
5、《关于省**天城路经济适用房人工材料和二次搬运等费用审计结算事》1份，拟证明《工期延误详细条目》未纳入审计部分内容已在该文件确定的总价3233862元中予以支付的事实。
经庭审质证，原告A公司对证据1的真实性无异议，认为占系该项目副经理，代表项目经理部与A公司签订内部承包协议；**休建办在没有取得A公司付款委托书的情况下，擅自将6240000元支付给与工程毫无关系的其他单位，违反财务制度和合同约定；对占在财务凭证上签字的真实性无异议，但认为**休建办应当清楚占无权指定收款单位，现并无证据证明该部分款项实际用于案涉工程的费用支出，故不应计入已付工程款；钱与占签字的《公司与占收付款结算(已开收据及发票1490万元)》系针对A公司开具收据及发票后对应收取税金和管理费等的结算，已收款部分载明的三期已收款金额均系无争议的金额，并未体现有争议的6240000元，反而可以证明A公司对**休建办已将款项支付给案外人的情况不知情、不认可。本院对该组证据的真实性予以确认，双方争议其他问题在本院认为部分分析。对证据2的真实性无异议，对证明目的有异议，认为仲裁裁决被裁定不予执行后，已不发生法律效力，所认定的事实不应作为认定本案事实的依据；仲裁裁决认定6240000元属于已付工程款缺乏事实依据，裁决结果有其自身的背景条件，是在双方都对各自利益做出了让步的基础上才有了做出的责任划分，对于6240000元是否属于已付款双方一直持有异议。本院认为，人民法院已依法裁定不予执行该仲裁裁决，故本院对此不予确认。对证据3的真实性无异议，但认为审计报告载明结算金额不包括工程质量奖罚费用、工程工期延迟罚款费用、项目经理到位率奖罚费用，其中工期延迟费用应做广义理解，未审计在内金额应包含A公司可向**休建办主张的索赔费用；况且A公司并未将工程延期索赔费用提交审计，送审金额为0,核对金额也为0,审计单位不可能就该部分进行审计；对审计机构答复称审定结算价已经包含因建设单位原因造成的工期延误需增加的工程价款，因施工单位原因造成的工期延误罚款未包括在审计报告审定的结算价款中有异议，认为该陈述自相矛盾；A公司提供的施工联系单既可以作为工程造价的审计依据，也可以作为工期延误索赔的依据；要求审计费用由A公司承担没有合同依据，其内部文件对A公司没有约束力。本院对该组证据的真实性予以确认，双方争议问题在本院认为部分分析。对证据4的真实性无异议，认为双方提交的《工期延误详细条目》内容一致，签章部分不一致的原因在于**休建办收取了A公司提交的文件后进行了内部审批，最终加盖了公章交付给A公司，反而可以证明该证据的真实性；对葛**的调查笔录属于证人证言，证人未出庭作证，不应被采信，况且该调查笔录中亦没有提到A公司提交的《工期延误详细条目》中盖章不真实或涉嫌犯罪行为等内容；刑事判决与本案争议问题没有关联性。本院认为，调查笔录按证人证言处理，证人未出庭作证，不予确认，其他两份证据的真实性予以确认，双方争议问题在本院认为部分分析。对证据5的真实性无异议，但认为A公司主张工期延误索赔费用与双方通过协商确定的人工材料和二次搬运费用等并不属于重复主张。本院对该证据的真实性予以确认，双方争议问题在本院认为部分分析。
综合对于上述证据的认证及当事人庭审陈述，本院依法对本案事实认定如下:
2006年4月20日，**休建办(发包人)与A公司(承包人)签订了《建设工程施工合同》一份，载明，工程名称为C杭州点第五批离退休干部住房，工程地点为，工程内容为土建、水电安装和围护工程(桩基础除外)。开工日期2006年4月28日(以开工报告为准),竣工日期2007年10月30日(以竣工报告为准),合同工期总日历天数550天。合同价款36251700元。合同通用条款约定，因设计变更和工程量增加，不可抗力等原因造成工期延误，经工程师确认，工期相应顺延；承包人必须按照协议书约定的竣工日期或工程师同意顺延的工期竣工；因承包人原因不能按照协议书约定的竣工日期或工程师同意顺延的工期竣工的，承包人承担违约责任。施工中发包人需对原工程设计进行变更，应提前14天以书面形式向承包人发出变更通知；因变更导致合同价款的增减及造成的承包人损失，由发包人承担，延误的工期相应顺延。发包人收到竣工结算报告及结算资料后28天内无正当理由不支付工程竣工结算价款，从第29天起按承包人同期向银行贷款利率支付拖欠工程价款的利息，并承担违约责任。专用条款约定，发包人派驻工程师陈、葛,职务主任、助理员，项目经理钱、占,职务项目经理、副经理。工期延误按通用条款执行。本合同价款采用固定价格合同方式确定，合同价款中包括的风险范围为招标文件规定的工程范围，工程量清单中的综合单价固定不变；风险范围以外合同价款调整方法为按招标文件规定执行。工程款按月进度由监理及招标人代表签字后支付，全部工程款支付到70%暂停付款，自质监部门出具质量验收证明且结算审核完毕后，支付合同的25%,尾款5%作为工程质量保修金，待保修期满后费用全部付清。工程变更按通用条款执行。工程竣工后14日内提供竣工图纸及施工资料，该工程为军队工程，发包人依据军队审计部门审定的工程决算与承包方办理最终价款结算手续。合同履行过程中产生争议时，提交杭州市仲裁委员会仲裁；等等。
施工合同附件《房屋建筑工程质量保修书》约定，质量保修期自工程竣工验收合格之日起计算。地基基础工程和主体结构工程为设计文件规定的该工程合理使用年限；屋面防水工程、有防水要求的卫生间、房间和外墙面的防渗漏为2年；装修工程为2年；电气管线、给排水管道、设备安装工程为1年；供热与供冷系统为1个采暖期、供冷期；住宅小区内的给排水设施、道路等配套工程为1年。
2006年4月25日，A公司(甲方)与案涉工程项目经理部(乙方)签订了《建筑工程内部承包协议书》一份，约定，本项目成立工程项目经理部，由项目经理对项目施工全过程的工期、质量、安全、工程款用途进行管理并承包各项技术经济指标。本项目承包经营的利益分配，采取乙方承包，并保证甲方各项分配费率收取后包干使用、各方盈亏自负的形式，工程价款全额必须进入甲方银行账户，一切收支均凭项目经理签具的收支通知单，进行内部账户中核算。乙方享受利润分配的时间为，全部履行本承包协议条款与建设单位办毕竣工决算并收入余款，付清承包范围内发生的内外应付款额。应纳税费、工程所在地所需的各项行业规定缴费等，均由甲方办理手续时在工程造价总额内扣除及交纳，所发生费用均列入乙方承包成本，由甲方实行代收代缴。甲方收取施工管理费为2%,其余款额分配给乙方为承包总额。工程施工所需的大型机械设备和周转材料由甲方提供，乙方负责保管、保养及使用，按规定结算租赁费；等等。甲方由A公司加盖公章，并有钱作为代表签字。乙方由占作为代表签字。
案涉工程开工报告载明该工程开工日期为2006年6月9日；竣工报告载明该工程竣工日期为2008年9月25日。
2008年12月1日，A公司向**休建办提交了工程决算书，报价金额68896729元。
2009年1月10日，A公司制作了《工期延误详细条目》一份，依据施工联系单梳理了相关施工内容导致的影响进度天数，报告认为工程总进度合计影响工期392天，请建设单位根据工程情况酌情考虑。A公司持有的该文件上加盖有A公司该项目经理部章，监理公司该工程项目监理部章，**休建办章。**休建办留存的该文件加盖有A公司该工程技术专用章，监理公司该工程项目监理部章，并有王签字并书写"详见附后施工联系单",葛签字并书写"按施工联系单中明确的工期内容，根据合同约定给予增减，请审计处予最终核定具体天数，呈处长审批",陈**于2009年3月9日在该文件上签名。
2009年10月12日，**休建办做出了《关于省**天城路经济适用房人工材料和二次搬运等费用审计结算事》一份，载明，为尽快办理工程结算手续、尽早移交住房钥匙，拟对办理结算审计过程中与施工单位争议较大的几项内容作如下处理：一、施工合同期前80%工期的部分土建材料费给予适当补差，涉及金额2094929元。二、室外道路和室外排水工程按施工期间人工材料价格办理工程结算，涉及金额102230元。三、土方外运、保温砂浆、外墙弹性涂料和真石漆按联系单签证价格办理工程结算，涉及金额788951元。四、材料二次搬运费用。涉及金额81017元。五、雪灾补偿经费，按照风险相互承担的原则，给予补助一半维修费91095元。六、外墙脚手架加固费用，建议租赁时间延长的费用由施工单位承担，给予脚手架加固费用75640元。上述六项内容补差金额，是在多次与施工单位进行协商，并专门组织施工、监理和审计等相关单位召开6次协调会的基础上确定的。A公司基本认可六项内容的处理方法，初步同意先行办理房屋移交手续，同时提出施工期间人工费涨幅较大，涉及金额7606384元，强烈要求补差，正在协商当中。以上六项内容涉及的金额，已请审计部门进行了审计把关，建议按上述办法办理工程结算。该文件首长最后批示日期为2009年10月15日。
2011年8月3日，D审计事务所浙江分所出具了[2011]南新审浙分所字第177号《审计报告》一份，载明，核定结算金额43973894元。上述核定结算金额中不包括工程质量奖罚费用、工程工期延迟罚款费用、项目经理到位率奖罚费用。该三项费用由建设单位根据本工程施工实际情况、依据合同条款，实事求是、协商一致，最终由建设单位与施工单位在工程决算时按实扣除，并将扣除结果回复审计处。在本工程结算审计期间，建设单位没有提供该三项费用的审计资料。
由各职能单位签章确认的审计报告附表三《基本建设项目竣工结算审定表》载明，除材料、人工、二次搬运费、补差价另行办理结算手续外，同意本结算。
庭审中，A公司与**保障局确认无争议的已付工程款金额为38811432元，以收款人为A公司的转账支票方式交付，支票领取人为占**。
双方有争议的6笔款项共计6240000元，其中：1、2006年8月11日以银行转账方式支付给E有限公司2500000元。2、2006年9月28日以转账支票方式支付给F建材厂300000元(支票号01958850).3、2006年12月4日以转账支票方式支付给G丁桥分公司500000元(支票号01958859).4、2006年12月4日以转账支票方式支付给H有限公司1500000元(支票号01958861)。5、2006年12月7日以转账支票方式支付给I有限公司(以下简称I公司)1000000元(支票号01958858)。I公司于2013年3月出具《收材料款证明》一份，载明，2006年12月8日收A占五批休干建房工地钢材款100万元整，转账支票01958858.6、2007年11月12日以转账支票方式支付给I公司440000元(支票号01958862)。吴于2008年5月出具了《支票存根根遗失说明》一份，载明，2007年11月11日开出转账支票01958862号存根遗失，此支票由A占付I公司材料款440000元。I公司于2013年4月1日在该说明上签章并由法定代表人滕签署了"以上情况属实"字样。相关转账支票领取人为占**。
2007年1月25日，钱与占签署了《公司与占**收付款结算(已开收据及发票1490万元)》一份，载明，"一、应收款：1、税金(营业税+所得税)4.36%×1490万元=64.964万元(税金暂扣，决算时按实调整);2、管理费3%×1490万元=44.7万元；3、借款利息56.2473万元；4、借款362.5170万元，合计528.4283万元。二、已收款：第一期工程款已收(200万元-180万元)=20万元；第二期工程款已收(300万元-176万元)=124万元；第三期工程款已收410万元；合计554万元。三、应付款：已收款一应收款=25.5717万元。"另查明，A公司于2013年1月31日就本案向杭州仲裁委员会提起仲裁。杭州仲裁委员会于2014年7月21日做出(2013)杭仲裁字第22号裁决书。2016年2月26日，杭州市中级人民法院裁定对杭州仲裁委员会(2013)杭仲裁字第22号裁决不予执行。
A公司于2016年6月7日就本案向本院提起诉讼，案号(2016)浙0104民初4467号。
案件审理过程中，就本院征询的[2011]南新审浙分所字第177号《审计报告》中审计结算价是否包括因建设单位原因导致的工期延误增加工程结算价款和核定结算金额中不包括工程质量奖罚费用、工程工期延误罚款费用、项目经理到位率奖罚费用的理解问题。D审计事务所浙江分所于2017年6月6日做出《关于[2011]南新审浙分所字第177号<审计报告>的答复说明》一份。答复说明称，该所审计范围包括图纸会审纪要(纪要时间2006年5月18日),建筑设计研究院2007年3月26日出具的图纸答疑和2007年5月8日出具的1#、2#楼阁楼修改图纸答疑，设计变更联系单(具体编号见审计报告),主体工程施工联系单(土建装饰及安装)和附属工程施工联系单(具体编号见审计报告),栏杆修改图和增加阁楼层；以及上述原因引起的工期变化影响到本工程施工组织设计施工方编制的施工网络进度计划关键线路产生的因建设单位原因造成的费用已经包括在本工程审计结算价内。包括送审结算第二册(打桩联系单、外墙涂料)、原招投标暂定材料价格差价、轻钢雨棚铝合金门窗、弱电部分工程的配合费。室外管线工程和室外道路工程修建办和施工单位另行分别单独签订施工合同，根据提交的工程竣工资料不存在工期索赔问题。材料调差、材料二次搬运、人工调差内容不涉及到本审计报告的内容，施工合同有明确的约定。根据上述委托审计范围案涉工程审计已经涵盖建设工程合同价款以外因建设单位设计变更、增加工程等原因导致工期延误所发生的全部工程价款，包括增加材料、人工、管理等费用。即审定结算价已经包括因建设单位原因造成的工期延误需增加的工程价款；等等。
2018年9月12日，本院裁定准予A公司撤回起诉。
再查明，**休建办系C后勤部(以下简称**后勤部)下属部门。因军队体制改革，**休建办、**后勤部已撤销，相关遗留问题由**保障局处理。
本院认为，仲裁裁决被人民法院裁定不予执行的，当事人可以根据双方达成的书面仲裁协议重新申请仲裁，也可以向人民法院起诉。A公司在(2013)杭仲裁字第22号仲裁裁决被裁定不予执行后，依法向本院提起诉讼，本院予以支持。
A公司与**休建办签订《建设工程施工合同》,系双方真实意思表示，不违反法律、行政法规的强制性规定，合法有效，依法受法律保护。A公司与占**签订的《建筑工程内部承包协议书》的合同效力，不影响A公司与**休建办签订的合同效力。**休建办已被撤销，相关遗留问题由**保障局处理。本院确认《建设工程施工合同》合同项下权利义务由**保障局继受。
本案中，A公司与**保障局对审计确定的工程价款43973894元及材料、人工、二次搬运费补差3233862元并无异议，本院予以确认。
关于双方争议的工期延误导致A公司周转材料、管理人员工资损失索赔4516351元的问题。本院认为，A公司提交《工期延误详细条目》提请建设单位根据工程情况予以酌情考虑，**休建办虽在该文件上签章，但未给予确切的签复意见。结合**休建办的内部签批情况，应当认定工期延误问题需以施工联系单为基础通过审计予以确定。《工期延误详细条目》《关于省**天城路经济适用房人工材料和二次搬运等费用审计结算事》的形成日期均在审计报告做出之前，这表明A公司在审计过程中对工期延误、材料补差等损失问题提出过相应主张。根据本案查明的事实，《审计报告》的审计范围已包含了相应的施工联系单。审计单位亦回复本院，因相关施工联系单原因引起工期变化，影响到本工程施工组织设计施工方编制的施工网络进度计划关键线路产生的，因建设单位原因造成的费用，已经包括在本工程审计结算价内。因此，在《基本建设项目竣工结算审定表》仅注明"材料、人工、二次搬运费、补差价另行办理结算手续"的情况下，应当认定A公司无权对工期索赔问题再提异议。据此，本院对A公司申请对工期延误损失进行鉴定不予准许，对其诉请主张工期延误损失不予支持。
综上，本院认为，案涉工程的工程价款应为47207756元。
A公司与**保障局确认无争议的已付工程款金额为38811431.43元，本院予以确认。
关于双方争议的另有6笔款项6240000元应否计入已付款的问题。本院认为，占与A公司签署有内部承包协议。从无争议的付款情况来看，占代表A公司领取相关转账支票是双方交易惯例。而争议款项已由**休建办实际支出，占在相应时间节点亦已向**休建办出具了A公司开具的金额能够基本对应的发票和收据。因此，**休建办有理由相信占可以代表A公司处理工程款的结算及支付事宜，故争议款项应当计入到已付工程款中。A公司与占**之间的款项结算，可另行处理。
综上，本院将本案已付工程款确认为45051431.43元。
案涉《建设工程施工合同》约定工程保修期自工程竣工验收合格之日起计算，质保期届满之日为2010年9月25日。工程价款的支付条件现已全部届满，扣除A公司认可的可扣除的维修费168738.57元，**保障局应向A公司支付工程款1987586元。本案审计完成日期为2011年8月3日，A公司主张自2011年8月4日起支付逾期付款利息，本院予以支持，至2019年8月19日期间按中国人民银行发布的同期同类贷款利率计算，自2019年8月20日起按照同期全国银行间同业拆借中心公布的贷款市场报价利率计算，实际计算至上述款项付清之日止。**保障局未就审计费承担提起反诉，本案中不予处理。
据此，依照《中华人民共和国合同法》第六十条第一款、第一百零九条、第一百一十四条之规定，判决如下:
一、被告B保障局向原告A集团有限公司支付工程款人民币1987586元，于本判决生效后十日内付清。
二、被告B保障局向原告A集团有限公司支付逾期付款利息(自2011年8月4日起，以尚欠的上述第一项金额为基数，自2019年8月20日起按照同期全国银行间同业拆借中心公布的贷款市场报价利率计算，实际计算至上述款项付清之日止),于本判决生效后十日内付清。
如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
三、驳回原告A集团有限公司的其他诉讼请求。
案件受理费人民币98264元，由原告A集团有限公司负担人民币82864元，由被告B保障局负担人民币15400元。原告A集团有限公司于本判决生效之日起十五日内向本院申请退费。被告B保障局于本判决生效之日起七日内向本院交纳应负担的案件受理费。
如不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内向本院递交上诉状，并按对方当事人人数提出副本，上诉于浙江省杭州市中级人民法院。
审判长
朱**
人民陪审员
许**
人民陪审员
吴**
本件与原本核对无异
书记员娄**
二〇二一年六月二日
